虚报注册资本罪和虚假出资罪在行为侵犯的客体、行为关系、行为目的方面不同。虚报注册资本罪和虚假出资罪的区别在于：（1）在侵犯的客体和法益上，虚报注册资本侵犯的客体是工商行政管理登记制度，虚假出资侵犯的客体是公司出资制度。虚报注册资本使潜在债权人的利益受到威胁，而虚假出资则不仅将潜在债权人的利益置于危险之中，同时还侵犯公司其他股东的实际利益。（2）在行为关系方面，虚报注册资本是公司整体行为，欺骗对象指向公司之外的登记管理部门，具有对外欺骗性；而虚报出资为公司发起人、股东的个人行为，具有对内欺骗性，必须是部分发起人、股东对公司其他发起人、股东的欺骗。（3）在行为目的及危害性方面，虚报注册资本行为的目的在于非法取得公司登记；虚假出资行为的目的则在于通过少出资或不出资的方式谋取利益。
　　虚报注册资本罪与抽逃出资罪的区别在于：虚假注册资本目的在于骗取公司登记，其行为发生在申请公司登记过程中；而抽逃出资的行为则须发生在公司登记成立之后。
　　公司设立登记过程中，未交付货币，采用他人垫资的欺诈方式骗取验资证明，进而取得公司设立登记的行为，从形式上看似乎存在虚报注册资本与虚假出资两种犯罪行为的交织，实际上对行为人的行为应认定为虚报注册资本罪。