(1)既涉嫌非法经营又涉嫌逃税的，应以处罚较重的犯罪依法追究刑事责任，不实行数罪并罚。
　　(2)未经中国证监会批准，代理未上市公司股票并向不特定社会公众转让，构成非法经营证券业务的行为;未经中国证监会批准，未上市公司通过其他公司向社会不特定公众转让股权，构成擅自公开发行证券或变相公开发行证券的行为;股权托管服务有限公司如果提供股票交易转让服务，则构成非法开设证券股票交易场所的行为。以上三种行为构成非法经营数额或非法发行数额达到《立案追诉标准(二)》第79条的立案追诉标准的，就可以立案侦查。
　　(3)对居间贩卖假金融票证行为，首先应当考虑该行为是否构成伪造、变造金融票证或者金融诈骗犯罪的共犯。如果不能认定为共同犯罪，也不构成其他犯罪的，只能以非法经营罪追究刑事责任。立案追诉标准依照《立案追诉标准(二)》执行。
　　(4)使用盐酸克仑特罗等禁止在饲料和动物饮用水中使用的药品或者含有该类药品的饲料养殖供人使用的动物，或者销售明知是使用该类药品或者含有该类药品的饲料养殖的供人食用的动物的，不以非法经营罪处罚，而应以生产、销售有毒、有害产品追究刑事责任。即能认定涉嫌非法生产、销售“瘦肉精”等药品而构成非法经营罪，同时又能认定其他犯罪的案件，依照处罚较重的规定追究刑事责任。
　　(5)明知出版物中载有煽动国家、破坏国家统一或者煽动颠覆国家政权、推翻社会主义制度的内容，而予以出版、印刷、复制、发行、传播的，不以非法经营罪处罚，而应以煽动分裂国家罪或者煽动颠覆国家政权罪处罚。
　　(6)实施侵犯著作权行为，又销售该侵权复制品的，违法所得数额巨大的，只定侵犯著作权罪，不以侵犯著作权罪与非法经营罪数罪并罚。实施侵犯著作权行为，有明知是他人的侵权复制品而予以销售，构成犯罪的，以侵犯著作权罪和非法经营罪数罪并罚。
　　(7)违反国家规定，擅自设置、使用无线电台(站)，或者擅自占用频率，非法经营国际电信业务或者涉港澳台电信业务进行营利活动，同时构成非法经营罪和扰乱无线电通讯管理秩序罪的，依照处罚较重的规定定罪处罚。
　　(8)以非碘盐充当碘盐或者以工业用盐等非食盐充当食盐进行非法经营，同时构成非法经营罪和生产、销售伪劣产品罪，生产、销售不符合卫生标准的食品罪，生产、销售有毒、有害食品罪等其他犯罪的，依照处罚较重的规定追究刑事责任。行为人非法经营食盐的行为构成犯罪，同时又以暴力、威胁手法阻碍行政执法人员依法行使盐业管理职务的，以妨害公务罪和非法经营罪实行数罪并罚。
　　(9)行为人非法经营烟草的行为构成犯罪，同时又以暴力、威胁方法阻碍烟草专卖执法人员执行职务，构成犯罪的，以妨害公务罪和非法经营罪实行数罪并罚。行为人实施非法生产、销售烟草专卖品犯罪，同时构成非法经营罪的，依照处罚较重的规定定罪处罚。
　　(10)对于买卖国家机关颁发的野生动物允许进出口证明书等经营许可证明，同时又构成非法经营的，依照处罚较重的规定定罪处罚。